La Federación Andaluza de Fútbol puso en marcha en la temporada 2016/17 la División de Honor Cadete, máxima categoría a nivel regional de cadetes, de la que formaron parte los ocho primeros clasificados de cada uno de los grupos de Primera Andaluza de la 15-16 y en la que se ganaron su derecho a participar dos equipos cordobeses, el Córdoba y el Séneca, aunque uno y otro han corrido distinta suerte esta temporada en su debut en esta nueva categoría. Ambos comenzaron bien la temporada, situándose en la mitad de la tabla, pero con el devenir de las jornadas el conjunto blanquiverde mantuvo una importante regularidad que le llevó hasta final de temporada a la zona media de la tabla, aunque en algunos momentos puntuales se vio obligado a mirar más hacia abajo que hacia arriba, pero finalmente se instaló en la tranquilidad y firmó un excelente quinto puesto final. Por su parte, el conjunto senequista se estancó en la zona baja de la tabla prácticamente desde el inicio de la competición y aunque reaccionó en el tramo final de la competición, tristemente no llegó a una salvación que le quedó a seis puntos y perdió la categoría junto al Puerto Malagueño, el Recreativo de Huelva y el Real Jaén.
Pese a que ya es la segunda categoría cadete autonómica, la actuación de los equipos cordobeses en Primera Andaluza hay que catalogarla como buena. Cuatro equipos cordobeses compitieron en ella: el Córdoba, el Don Bosco, el Atlético Séneca y el Deportivo Córdoba. El conjunto blanquiverde fue el mejor clasificado a final de la competición, logrando una séptima plaza que hay que considerarla muy buena teniendo en cuenta que el cuadro dirigido por José María García estaba integrado por jugadores de primer año prácticamente en su totalidad. Tardó en adaptarse a la categoría, pero nunca pasó por agobios clasificatorios. Mientras tanto, el Don Bosco también cuajó una buena campaña, muy regular en sus actuaciones, sobre todo en Noreña, que finalmente le llevaron a situarse en una octava plaza de la clasificación, sin agobios prácticamente en ningún tramo de la competición. Peor lo pasaron el Atlético Séneca y el Deportivo Córdoba, que prácticamente agotaron las jornadas para firmar una agónica salvación, pero la reacción final de ambos equipos le sirvieron para permanecer una campaña más en una categoría en la que la próxima campaña se verán acompañados por el descendido Séneca y el ascendido Puente Genil.
El conjunto pontano se proclamó campeón de la Segunda Andaluza Cadete con mucha solvencia y con mucha anticipación al final de la temporada, una posición premiada con el ascenso de categoría. A final de curso, el Puente Genil sumó trece puntos más que el segundo clasificado, el Egabrense, cediendo sólo dos derrotas en las 30 jornadas disputadas. Una ante el subcampeón, el Egabrense, y otra ante el Pozoblanco, a la postre tercer clasificado y que junto al Salvador Allende y el Don Bosco, dieron intensidad a la competición, poniendo las cosas muy difícil a los pontanos. El Apedem Montilla, La Carlota, Los Califas, el Palma del Río y el Montalbeño se quedaron con el paso de las jornadas en tierra de nadie, sin nada que hacer por arriba y alejados lo suficiente de la zona de peligro como para concluir la temporada con tranquilidad. De esta forma, seis equipos pugnaban para no caer en una de las tres plazas de descenso marcadas por las normas de competición. De ellas se despegaron el Apademar, el Palomera Naranjo y por último el Fuente Palmera, dejando en zona de peligro al Sporting Benamejí, el Villafranca y el Aguilarense, equipos que finalmente no reaccionaron y sellaron el descenso.
Para conformar el grupo de dieciséis equipos en Segunda Andaluza, hasta cuatro equipos lograron ascender desde Tercera: el Fundación Lucena, el Baenense Atlético, el Juanín y Diego y el Alcázar, equipos que se fueron despegando paulatinamente. Finalmente, el Fundación Lucena logró el título liguero, aunque hasta la última jornada no pudo sellar el campeonato ya que los baenenses tenían el goal average particular ganado a los aracelitanos. En es última jornada, el campeón logró un aplastante triunfo 14-0 ante Los Califas, que les permitía mantener al menos los tres puntos sobre los de Baena, equipo que se vio obligado a un esfuerzo extra para sacar adelante su último compromiso ante el Stadium, al que finalmente derrotó 4-5. Por detrás, la tercera plaza la ocupó el Juanín y Diego, que cerró el cuadro de ascensos junto al Alcázar. Por abajo, tras la retirada del Ribera del Guadalquivir y el Villarrubia, sólo dos plazas de descenso que finalmente ocuparon Los Califas y el Parque Cruz Conde, equipos que se quedaron despegados de los puestos de permanencia y que descendieron matemáticamente algunas jornadas antes del final, permitiendo un plácido final de temporada a equipos como el Deportivo Córdoba, el Posadas o el Stadium.
En Cuarta Andaluza, el premio del ascenso estaba reservado sólo al campeón de cada uno de los tres grupos, junto al mejor segundo, aunque la vacante que finalmente se ha dado en Tercera, será ocupada por el mejor segundo de Cuarta Andaluza. En el grupo I logró el título y el salto de categoría el Fray Albino, equipo que concluyó la Liga sin conocer la derrota, firmando 12 triunfos y seis empates, aunque estos números sólo le dieron para obtener una ventaja de tres puntos sobre el segundo clasificado, el Figueroa, equipo que sólo encajó una derrota en la última jornada liguera, ante el Juanín y Diego, cuarto clasificado. En el grupo II se proclamó campeón el Bujalance, que se fue despegando jornada a jornada de sus perseguidores más directos, el Villarrubia, al que al final ha aventajado en 15 puntos, y el Ciudad de Córdoba Gaspar Gálvez, al que ha superado en 19 puntos. El campeón y a la postre equipo ascendido, sólo ha cedido dos empates en la temporada, uno frente al Ciudad de Córdoba Gaspar Gálvez y otro ante el Vespertina Perro Verde Hornachuelos, ambos a domicilio. Pero el Villarrubia, subcampeón, también ha obtenido el premio del ascenso como uno de los dos mejores segundos, por lo que la próxima campaña jugará también en Tercera. Y en el grupo III, finalmente se proclamó campeón el Santaella 2010, que mantuvo una reñida lucha con el Puente Genil, finalmente subcampeón y que también logrará plaza de ascenso como uno de los mejores segundos, y el Prieguense AF.
En la Copa Diputación, disputada sólo en Cuarta Andaluza Cadete, las diferentes cribas dejaron unas semifinales en las que el Puente Genil se deshizo del Rute por un global de 13-1, mientras el Prieguense AF lo hizo del Santaella 2010 por un tanteo final de 8-3. En el duelo definitivo, se proclamo campeón el Puente Genil en un duelo muy igualado en el que finalmente logró el triunfo 3-2.
En el Campeonato de Andalucía de Selecciones provinciales, Córdoba firmó un empate 1-1 ante el combinado de Málaga y una segunda igualada 2-2 ante Cádiz en la segunda jornada, que dejaba las puertas abiertas a los de Salva Hermán, aunque dependiendo de Málaga, que no falló ante Cádiz y dejó sin valor el triunfo de Córdoba ante la anfitriona Huelva 2-1, en la última jornada de grupos. Finalmente, los malagueños se proclamaron campeones de Andalucía al derrotar 0-1 a Almería en la gran final.(Minuto 90. Redacción)