Juana Alfonso de Sousa fue una dama noble cordobesa, hija de Vasco Alfonso de Sousa de Portugal y de María García Carrillo. Del matrimonio nacieron también Diego Alfonso, Juan Alfonso, Alfonso y Leonor. Vasco Alfonso viviò en la casa palacio de estilo mudejar del siglo XIV situada en la plaza de los Paraísos, hoy de Jerónimo Páez, frente al actual Museo Arqueológico. Como lo hiciera la nobleza cordobesa, se pronunció por la causa Trastámara y, en agradecimiento, Enrique II no sólo le confirmó sus privilegios como a los demás caballeros de Córdoba, sino que le nombró Alcaide y Justicia Mayor de Córdoba y Señor de Castil-Anzur (Puente-Genil).
Vasco Alfonso manifestó también su deseo de poseer una capilla para enterramiento propio y de sus descendientes en la Mezquita-Catedral. Con fecha 13 de octubre de 1365, el obispo Andrés y el Cabildo le dieron para tal fin un lugar inmediato a la capilla de San Clemente o Sala Capitular, junto al muro sur de la ampliación de Almanzor; es la capilla de la Encarnación o de los Sousa.
Enrique II tenía una manceba en Córdoba, Constancia de Angulo. De ella tuvo el rey un hijo a quien se le dio por nombre el de Pedro y que ostentó el título de conde; falleció en Segovia en 1366. Precisamente, en este año, Enrique II dio a Constancia, hija de Lope Alfonso de Angulo y Elvira Díaz de Aguayo, algunos bienes que en Córdoba poseyó Leonor de Guzmán, su madre.
Sobre las reiteradas visitas de Enrique II a Córdoba, sólo a partir de 1369 es cuando el rey pudo conocer a Juana. Estas visitas se sucedieron entre 1370 y 1378, mientras que las de 1375 y 1377 fueron las más prolongadas. En este último año, María García recibió del nuevo monarca una de las dos tiendas que había en la ciudad para hacer y vender jabón y Juana de Sousa tres aceñas en el río Guadagenil (Genil) en Écija (Sevilla).
Al igual que su padre y su hermanastro Enrique, que estaba casado con Juana Manuel con la que tuvo tres hijos, compartió el Alcázar con sus amantes Juana de Sousa y Leonor Ponce y de estos romances nacieron los futuros duques de Medina Sidonia y Benavente. Tuvo hasta trece hijos extramatrimoniales reconocidos en su testamento. Parece que Juana enamoró a Enrique II, que frecuentaba la casa; con veinticinco años se quedó embarazada y tuvieron un hijo. Se comenta que nació en Cabra, donde se trasladó para tenerlo, pero no está documentado; Enrique de Castilla y Sosua nació en 1378.
En 1380 recibió el título de duque de Medina Sidonia, siendo éste el primero de tan noble casa, y debido a los vínculos maternales con Córdoba, estableció en la ciudad su residencia. Además, le otorgó los títulos de conde de Cabra y los señoríos de Alcalá de los Gazules y Morón y un palacio en la casa número 13 de la calle que hoy se llama Rey Heredia.
El rey terminó por dejar a Juana por otra dama y a su antigua amante le buscó un marido rico, como era costumbre, pero ella lo rechazó y vivió sólo para su hijo. En 1379 murió Enrique II y, en esa fecha Juana se trasladó nuevamente a su casa de Córdoba, en la collación de Santa María o de la Catedral en la plaza de los Paraísos, donde vivirá con su madre y su hijo el duque Enrique. En agosto de 1397 falleció María, dejándosela en herencia. El palacio fue conocido como Casas Altas, cambió a Palacio del Duque y, posteriormente a palacio del Duque de Medina Sidonia.
Su vida se vio truncada cuando Enrique de Castilla murió en 1404, a los 27 años. Juana lo comunicó a Enrique III y al infante de Antequera don Alfonso, hermanos bastardos del duque. El rey ordenó un entierro solemne a su hermano. El Cabildo Catedralicio dio a Juana de Sousa una sepultura en la Mezquita-Catedral para el cadáver de su hijo Enrique situada entre la capilla de los Obispos y el altar mayor. Para ello, había precedido una petición dirigida a los capitulares por Enrique III y el infante Fernando. El sufrimiento por su pérdida fue tan grande que pidió al Cabildo tener una habitación cerca de la tumba de su hijo, a la izquierda del altar mayor. Según sus contemporáneos perdió la razón por el dolor y hasta estuvo varios días encerrada con su cadáver.
Juana, en su testamento, el 12 de mayo de 1442, mandó ser enterrada junto a su hijo el duque, legando sus bienes a su hermana Leonor y a sobrinos. Dejó la casa- palacio a su sobrino, Juan Alfonso de Sousa, y a su esposa, Isabel Fernández Mesa, que vivió en el palacio hasta su muerte en 1479. Su fallecimiento debió producirse pocos días antes del 3 de julio de 1442, ya que con esta fecha el Cabildo vendió el paño que cubrió las andas de Juana; un paño aportado por la familia en tal ocasión y que quedaba en propiedad de los capitulares. Tenía entonces unos 89 años.
Cuenta una leyenda que la figura de una dama con un vestido largo deambulaba por las noches sin rumbo fijo por la Mezquita-Catedral. Juana continúa visitando la tumba de su hijo cada noche.(El Día de Córdoba. Pilar Bartolomé)