En Puente Genil existen tres pequeñas sierras: Sierra del Castillo, Sierra Gorda y Sierra del Niño. Están constituidas por roca caliza, que le da un color gris al terreno. En estas sierras abunda la vegetación de matorral porque al estar el suelo cubierto por rocas a impedido que la maquinaria agrícola destruya la flora autóctona para sembrar cultivos como el olivo.
La Sierra del Niño se encuentra junto al polígono industrial de San Pancracio. Está formada por dos grandes lomas y es la que presenta menos vegetación porque durante muchos años ha sufrido numerosos incendios. Pese a todo se pueden observar varias encinas y en su cara norte se está recuperando la vegetación, con aparición de jaras y retamas. Detrás de esta sierra se encuentra otra más pequeña llamada de Malconado, donde sí hay más vegetación.
Sierra Gorda está constituida por tres masas rocosas, la propia Sierra Gorda, actualmente utilizada para la Fotografía del Castillo Anzurextracción de caliza; Peñóncriado y Sierra Maestra, también con otra cantera. En la primera abunda el matorral con acebuche principalmente, al igual que en Peñoncriado. En ésta además destaca la cornicabra. Sierra Maestra es la que tiene más variedad de vegetación, con algunas encinas, matorral y una importante mancha de tomillo. Por otra parte, en el suelo pueden encontrarse fósiles de ammonites que vivieron en el fondo del mar hace unos 150 millones de años.
Por último está la Sierra del Castillo, que es la de mayor tamaño y donde se encuentran las ruinas árabes que le dan nombre. Esta sierra es alargada, orientándose desde la carretera de Puente Genil-Jauja hasta Cordobilla. En ese mismo sentido aparecen el tajo de Peñarrubia, Cinco Peñones y la Sierra de las Gaseosas. Peñarrubia es el punto más alto de la localidad, con 511 metros sobre el nivel del mar. Es un tajo grande donde crían rapaces y otras aves como el cuervo, la grajilla y el avión roquero.
