Cuenta la tradición que “...una noche de antiquísimos tiempos dos apuestos mancebos pidieron posada en una casa de la calle Madre de Dios,(que aún se señala con el número 3) frente a la ermita, y durante su estancia nocturna, en la habitación baja de la derecha, hicieron la Imagen de la Virgen con su Niño y desaparecieron sin que jamás volviera a saberse de los gallardos huéspedes, los que fueron tenidos por ángeles que tomaron aquellas figuras humanas para dejarnos en la Villa la Imagen de la Reina de todo lo creado”.
También por tradición se dice que “...en 1650 la Escultura dejó Ella misma su iglesia y se apareció en el hospital de los apestados, del barrio de las Cantarerías, al último de los frailes franciscanos que estaba enfermo...”
A finales de la primera mitad del s. XVII La Puente de Don Gonzalo se sumó a la apasionada defensa popular de la Limpia Concepción de María, pero el 8 de mayo de 1650 señalará el compromiso de los pontanenses con la causa inmaculista, al ser Nuestra Señora proclamada Patrona de la Villa.
El Voto de patronazgo coincidió con el momento más terrible de la epidemia de peste que estaba azotando a toda Andalucía. Este consistió en encomendarse a la Virgen, para sanar a la población bajo juramento popular en defensa de la Limpia Concepción de Ntra. Sra. y hacer fiesta todos los 8 de diciembre.
La inminente recuperación de forma repentina se atribuyó a la mediación de la Virgen, por lo que el Ayuntamiento acordó celebrar una solemne fiesta el 8 de Junio de ese mismo año, en que se declaró, por parte de los médicos, la salud del pueblo.
La aprobación del Voto, por parte de la autoridad diocesana, tiene lugar en 1661 por el Obispo de Córdoba, D. Francisco de Alarcón.
Ininterrumpidamente se ha renovado el Voto desde 1650. Nada ha sido excusa para que Puente Genil faltara a su cita, la más importante del año.
En 1751 el Vicario de la parroquia encargó al insigne imaginero Duque Cornejo una Imagen de la Inmaculada, sin el Niño, para que sustituyera a la antigua Escultura. Ya que este misterio era representado por los artistas de la época sin el Niño Jesús. El 6 de agosto de 1753 se celebró un Cabildo para debatir el cambio de la Imagen, pero por mayoría encabezada por el Alcalde, se decidió que permaneciera la Antigua, la que hoy conservamos, pues por tradición era la que había obrado el milagro de la curación de la peste.
Este hecho incrementó la devoción y culto y se decidió edificarle un templo mayor y más digno. En 1758 comenzaron las obras del actual Santuario, en el mismo lugar donde se encontraba su anterior capilla. De estilo rococó dejando ver la estética neoclásica en su portada terminada en 1799.
La devoción y los favores recibidos por parte de tan dulce Señora a través de los siglos, fueron los desencadenantes más decisivos para que el 9 de mayo de 1987, la Patrona de Puente Genil, fuese Coronada Canónicamente por el Sr. Obispo de Córdoba, Mons. Infantes Florido, ante una multitud de 8000 personas.
Posteriormente se han sumado a enaltecer a Ntra. Señora con la concesión por parte del Ilustre Ayuntamiento, de la Medalla de Oro con motivo del 350 Aniversario del Nombramiento de Patrona. Impuesta a la Stma. Virgen el 10 de septiembre de 2000. El 8 de diciembre del mismo año, el popular barrio de Miragenil se unió al Voto de la antigua Puente de Don Gonzalo.
El 14 de junio de 2001 sus S.S.M.M. los Reyes, Don Juan Carlos de Borbón y Doña Sofía de Grecia, aceptaban el nombramiento de Hermanos Mayores Honorarios, añadiéndose el título de Real a la Cofradía.
El 8 de diciembre de 2002 Su Santidad el Papa concede el título de Pontificia a la Patrona de la Villa, acompañado por las correspondientes Indulgencias Plenarias que se ganan en el Santuario pontanés.( La Cofradía )
